Hallo Uwe,
Deine Idee (Alternative) find ich super und erstaunlich kostengünstig! Jedoch kann ich Dir zu Deiner Frage nur berichten, daß Bekannte von uns dies auch einmal geplant hatten und diese Nachricht bekamen:
Eine Passage von Malta nach Tunis ist nicht möglich. Hier muss eine Passage Malta - Salerno mit einer Passage Salerno - Tunis kombiniert werden. 
Ob es zwischenzeitlich möglich ist, kann ich nicht sagen. Ich könnte mir aber sehr gut vorstellen, daß der Preis dann den Flugpreis von 40-60Euro weit überschreitet.
Vielleicht bekommst Du ja noch eine kompetentere Antwort.
Viel Glück!
LG habiba