Am 27. Februar 1998 ging Hamma Hammami in den Untergrund. Nach Protestaktionen auf der Universität nahm die Polizei eine Reihe von Personen in Haft. Siebzehn StudentInnen waren bereits verhaftet worden; sie wurden im Gefängnis brutal gefoltert. Hamma Hammami erhielt den Hinweis, dass auch er auf der Liste stünde - und tauchte unter. Seither ist er Tunesiens meist gesuchtester Mann.

Im Juli 1999 wurde Hamma Hammami gemeinsam mit den StudentInnen der Prozess gemacht. Er wurde in Abwesenheit zu neun Jahren und drei Monaten Haft verurteilt. Bedeutendes Detail am Rande: In diesem Verfahren saß auch Hammas Ehefrau Radhia Nasraoui, die zuvor Mitglied der Verteidigung war, auf der Anklagebank. Die Rechtsanwältin wurde zu sechs Monaten Haft bedingt verurteilt. Aufgrund dieses Urteils (im gleichen Prozess wie ihr Klient) darf sie zukünftig Hamma Hammami nicht mehr verteidigen.